La localidad de La Mojonera es una de las más jóvenes de España ya que dependía del término municipal de Felix hasta el 10 de Abril de 1984, fecha en la que se segregó de aquel.
El C.E.I.P. San Pedro Apóstol es el colegio más antiguo de los cuatro que existen en la localidad de La Mojonera. Sus orígenes se remontan a los años sesenta del pasado siglo XX, cuando se empezaron a consolidar los primeros asentamientos de colonización en el término municipal, entonces dependiente de Felix. En esos años era el único colegio de la zona, por lo que recogía todo el alumnado propio y de las zonas colindantes, incluso de Vícar y El Ejido.
En la actualidad el centro es del tipo C2 (dos líneas por cada nivel de educación infantil y educación primaria) y cuenta con un total de alumnado cercano a los 400. En cuanto a las características de nuestro alumnado cabe decir que el nuestro es el centro que cuenta con un mayor porcentaje de alumnado de nacionalidad extranjera; están presentes más de diez nacionalidades distintas que representan más del 60% del total, siendo la marroquí la nacionalidad mayoritaria.
El nuestro es un centro de Compensatoria, con servicios complementarios de Aula Matinal, Comedor Escolar y Transporte Escolar. Además, contamos con el Programa de Escuelas Deportivas, de Acompañamiento Escolar y Escuela Espacio de Paz.